Соловецкого мон-ря, расположен на Анзерском о-ве, одном из островов Соловецкого архипелага, в Белом м., близ Троицкой губы. Источниками сведений об основании А. Е. с. являются автобиографическая записка («Свиток») прп. Елеазара Анзерского и житие святого, составленное, вероятно, иноком Макарием [Маркианом]. В 1614 г., стремясь «имети житие пустынное», постриженик Соловецкого мон-ря прп. Елеазар по благословению игум. Соловецкого мон-ря прп. Иринарха поселился на горе Анзерского о-ва, у оз. Круглого. Первые неск. лет прп. Елеазар жил один, добывая средства к жизни изготовлением деревянных сосудов, к-рые он ставил у морской пристани, взамен рыбаки и купцы оставляли преподобному хлеб и др. припасы. Ок. 1616 г. прп. Елеазар встретился с отшельником иером. Фирсом и принял от него постриг в схиму. Когда к подвижнику стали приходить насельники Соловецкого мон-ря, искавшие отшельнического образа жизни, он перешел на др. место (недалеко от Троицкой губы), где рядом с ветхой ц. свт. Николая Чудотворца срубил келью. Ц. во имя свт. Николая была построена в Соловецком мон-ре при игум. Иакове и в 1583 г. перенесена на Анзерский о-в для окормления солеваров и рыбаков (ок. 70 чел.), трудившихся на монастырских варницах и рыболовных тонях. Игум. Иаков предполагал основать на Анзерском о-ве мон-рь, но по неизвестным причинам в 1596 г. грамотой царя Феодора Иоанновича строительство обители было запрещено. К нач. XVII в. варницы были закрыты, остров посещался лишь моряками.
18 марта 1620 г. Патриарх Московский Филарет, извещенный игум. Иринархом и мон. Александром (Булатниковым) о существовании общины отшельников на Анзерском о-ве, выдал грамоту на основание скита на острове и указ на строительство силами Соловецкой обители деревянного «клетчата» храма с 2 престолами: во имя Св. Троицы и «государева царева ангела» прп. Михаила Малеина (церковь освящена в 1621); позже царь Михаил Феодорович пожертвовал скиту утварь, а также определил ружное жалованье насельникам - по 3 четверти ржаной муки в год, «по осмине солоду ячменного и по осмине овса», по 1 р. 50 к. каждому на облачение.
В скиту прп. Елеазар ввел особый устав по образцу «древних отец скитских, еже комуждо особь келия, и пища, и молчание», в частности по образцу устава прп. Нила Сорского. Все насельники имели кельи, к-рые располагались на расстоянии версты друг от друга, братия собиралась в храм в дни больших праздников и на воскресные богослужения. Всего общих богослужений было 170 в год. Каждый монах кроме уставного правила совершал еще особое келейное правило: ежедневно читал каноны Иисусу Сладчайшему, Божией Матери, Ангелу-хранителю, Акафист, 4 кафизмы из Псалтири, 600 молитв Иисусовых, клал 300 земных поклонов. В отличие от прп. Нила прп. Елеазар разрешал в скиту монашеский постриг, принимал любую милостыню.
В 1621 г. строителем А. Е. с. был назначен иером. Варлаам, в 1624 г.- прп. Елеазар (при нем насельников было 12 чел.), в 1656 г., после кончины преподобного, строителем стал его любимый ученик - мон. Никодим (братии в скиту было 17 чел.). Указом царя Михаила Феодоровича от 7 февр. 1628 г. А. Е. с. предписывалось иметь 20 чел. братии, к-рые содержались на доходы от двинских угодий. Царским же указом от 31 июля 1633 г. скиту была дарована независимость от мон-ря с разрешением братии избирать строителей из своей среды; соловецкому игумену предписывалось не вмешиваться в управление скитом и не запрещать братии мон-ря при желании переходить в скит. Двинский воевода обязывался своевременно высылать в скит назначенное содержание. В 1635-1639 гг. насельником скита и учеником прп. Елеазара был Никон (Минов), впосл. Патриарх Московский и всея Руси. Будучи Патриархом, Никон оказывал покровительство скиту: в 1655 г. он исходатайствовал у царя отпускать обители в год 1 пуд ладана, 3 пуда воска, 3 ведра вина, 4 четверти муки для просфор, к жалованью каждому насельнику было прибавлено по 1 р.
В период Соловецкого восстания 1667-1676 гг. мон-рь получал продовольственную помощь от скита. В 1670 г. А. Е. с. продал мон-рю 146 пудов свежепросоленной щуки, неск. сот сигов и 320 пудов трески. В июне 1674 г. анзерские старцы Авраамий и Александр с иеродиак. Питиримом выступили посредниками в переговорах воеводы И. А. Мещеринова с затворившимися в мон-ре восставшими - это была последняя попытка урегулировать конфликт мирным путем. Во время боевых действий скит был разорен, насельники покинули остров. В 1682 г. грамотой Холмогорского архиеп. Афанасия (Любимова) А. Е. с. был вновь приписан к Соловецкой обители, настоятелям к-рой поручалось строжайшее наблюдение за скитской братией. Для улучшения материального положения находившегося в запустении скита архиеп. Афанасий в 1698 г. учредил в нем должность казначея, назначаемого из Соловецкого мон-ря. К нач. XVIII в. в скиту насчитывалось 17 монахов, на их содержание вместо ружного и денежного жалованья Петр I повелел выдавать 145 р. 24 алтына в год. Финансовое и духовное положение А. Е. с. улучшилось, когда в 1706 г. в него по благословению соловецкого архим. Фирса (Шарапова) был назначен новый строитель - мон. Иов (см. Иисус Анзерский, прп.). После секуляризации монастырских земель в 1764 г. А. Е. с. был приписан к Соловецкому мон-рю с назначением строителя и определением числа насельников - 12 чел.
В 1729-1730 гг. в скиту была выстроена деревянная ц. во имя преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, в к-рую «за теснотою» из старого деревянного Троицкого храма были перенесены приделы прп. Михаила Малеина и иконы Божией Матери «Знамение». В 1740-1743 гг. приезжие каменщики Ф. Иванов и Я. Прокофьев разобрали обветшавший Троицкий храм и на его месте возвели новый, с 8-гранным барабаном. В 1880-1884 гг. Троицкая ц. была вновь перестроена по проекту архангельского архит. Г. Введенского. Новый храм, сохранившийся до наст. времени, был возведен на месте часовни прп. Елеазара, над его могилой (в 1925 мощи прп. Елеазара были вскрыты и вывезены с острова, их местонахождение неизвестно). В 1803 г. был построен примыкавший к Троицкому храму 2-этажный корпус братских келий, над ним - каменная колокольня с 7 колоколами, в 1843 г.- новый жилой корпус. За оградой скита находился деревянный 2-этажный корпус для трудников и паломников. Скит имел свое хозяйство - конюшни, кузницу, скотный двор и др. Развивался промысел рыбы и морского зверя. У входа в Троицкую губу в 1875 г. была открыта Троицкая спасательная станция, старшина и гребцы выбирались из числа братии Соловецкого мон-ря. К нач. XX в. А. Е. с. стал местом активного паломничества, на берегу Троицкой губы были построены валунная пристань, гостиница, баня. В нач. XX в. в скиту проживало 7 монахов и 3 послушника под управлением иеромонахов-строителей.
В А. Е. с. находилась богатая б-ка, основателем к-рой был прп. Елеазар. В Соловецком собрании РНБ хранятся 10 рукописей из Анзерской б-ки с записями о принадлежности их прп. Елеазару. Содержание записей разнообразно: о принадлежности книг келейной б-ке преподобного, покупке им рукописей в Соловецком мон-ре, переписке им лично рукописей. По описи А. Е. с., составленной соловецким архим. Макарием 12 июля 1676 г., б-ка скита насчитывала более 200 старопечатных и рукописных книг. Среди святынь скита почиталась икона Нерукотворного Образа Спасителя, написанная, по преданию, прп. Елеазаром в 1624 г. В 1854 г. образ был поставлен над Св. вратами Соловецкого мон-ря (местонахождение после 1921 неизвестно).
А. Е. с. был закрыт в 1920 г. По свидетельству «Приемно-сдаточной описи зданий и сооружений на Анзерском острове», составленной летом 1923 г. при передаче архипелага в ведение ОГПУ, в А. Е. с. насчитывалось 18 каменных и деревянных построек (Тогда на Анзерском острове. С. 145-149). В 1923-1939 гг. в них размещалась штрафная командировка СЛОН. В 1924 г. в А. Е. с. были привезены первые «политические» заключенные (ок. 70 чел.), но в 1925 г. их вывезли в лагеря на материк. Вместо «политических» в качестве наказания из штрафного изолятора на Заяцких о-вах в бывш. скит привезли женщин и кормящих матерей, родивших детей на Соловках, т. н. мамок. Кормящие матери жили в главном корпусе, там же в 1929-1931 гг. разместили заключенных монахинь, а в амбаре по соседству - проституток. В А. Е. с. располагался лагерный театр, выпускалась газ. «Красный Анзер». В 1929 г. в бывш. скит сослали большую группу правосл. и католич. духовенства, в 1932 г. оставшихся в живых священнослужителей вернули на Б. Соловецкий о-в. На территории бывш. скита находилась также молочная ферма (до 60 коров), огороды и парники. Сельским хозяйством занимались в основном женщины. Заключенные жили в деревянных зданиях; охрана, начальство и заключенные - бывш. сотрудники ОГПУ-НКВД размещались в главном каменном доме. В 1937 г. бывш. келейный корпус с церковью был переоборудован под тюрьму.
С 1929 г. в помещениях бывш. спасательной станции, ставшей секретной «командировкой» лагеря, находились в заключении многие церковные иерархи. В монастырских корпусах на берегу Капорского оз., предназначавшихся в XIX в. для косарей и рыбаков, по свидетельству лагерного врача, в 1929 г. также содержались иерархи РПЦ. В мест. Кирилловская тоня в 20-30-х гг. была устроена «командировка» по рыбной ловле, заготовке плавника (плавучих бревен), сбору водорослей. Построенная здесь в XIX в. часовня использовалась под жилье для заключенных. Поблизости были сооружены электростанция, склады, ледник для рыбы. В пункте пушхоза Ст. Городки разводили песцов, к-рые расплодились в таком количестве, что нападали на людей. Песцы нередко кормились трупами, оставшимися незахороненными у основания горы Голгофы. Дорогостоящие меховые изделия из соловецких песцов предназначались в основном для международных аукционов и ярмарок. Неподалеку от Ст. Городков в мест. Нов. Городки находились жилые помещения СЛОН. В районе знаменитых древних лабиринтов лесотундровой части Анзерского о-ва в 20-х гг. была вырыта землянка УСЛОН, служившая, очевидно, одной из «командировок» по заготовке плавника. В плотницкой избе, монастырском строении XIX в., в 20-30-х гг. жили заключенные - сборщики плавника. Здесь возвышался большой поклонный крест, испещренный надписями заключенных. В 1,5 км от А. Е. с. находился источник, снабжавший питьевой водой скит и Троицкую спасательную станцию. У источника стояла часовня, на стенах к-рой еще в 80-х гг. XX в. сохранялись многочисленные надписи, сделанные заключенными, к-рые возили отсюда воду. На кресте и стенах часовни оставляли сообщения для заключенных, прибывавших с др. островов, и для тех, кто отбывал на материк.
Не установлено, какое количество священнослужителей побывало в заключении на Анзерском о-ве и сколько из них здесь скончалось. Сщмч. Иларион (Троицкий) называет «анзерским выходцем» сщмч. Дамаскина (Цедрика), находившегося на Анзере в 1929-1933 гг. В числе соловецких узников был и последний наместник Симонова московского мон-ря игум. Антонин (Чубаров), погибший на Анзерском о-ве в 1925 или 1926 г.
В 50-80-х гг. XX в. старинные скотные дворы, пастбища и сенокосы скита использовались колхозом «Беломор». С 1976 г. постройки скита находятся в ведении Соловецкого гос. историко-архитектурного и природного музея-заповедника. В нач. 90-х гг. XX в. по инициативе наместника Соловецкого мон-ря архим. Иосифа (Братищева) и музея-заповедника в скиту были начаты реставрационно-восстановительные работы, вскоре прекращенные из-за недостатка средств; скит продолжает разрушаться, рухнула колокольня. К 2001 г. сохранился Троицкий храм, примыкающие к нему трапезные палаты, келейный корпус и деревянный Млечный корпус, входивший в комплекс построек монастырской фермы.
В настоящее время церковь и келейный корпус требуют восстановления. С 2000 г. скит находится на попечении ТСЛ.